تأتي مسألة الجودة في التعليم العالي في مقدمة اهتمامات وزارة التعليم العالي ويتضح هذا من مبادرتها في إنشاء المركز الوطني للقياس والتقويم في التعليم العالي لضبط مدخلات التعليم الجامعي وإنشاء الهيئة الوطنية للتقويم والاعتماد الأكاديمي لضبط مخرجات التعليم الجامعي، كما عملت الوزارة على تحفيز الجامعات على التطور والتقدم في مجالات البحث العلمي خاصة وبادرت في سبيل ذلك إلى إنشاء ودعم مراكز التميز البحثي في الجامعات وشجعت التنافس فيما بينها كما جاءت الحوافز الإضافية في كادر أعضاء هيئة التدريس لترصد مكافآت مجزية للحاصلين على جوائز محلية وإقليمية وعالمية والحاصلين على براءات اختراع كما رعت الوزارة توقيع العديد من الاتفاقيات بين الجامعات السعودية وعدد من الجامعات والمؤسسات ألأكاديمية والبحثية العالمية تتضمن بنوداً للتعاون في مجال البحث العلمي المشترك.