على الرغم من اعتقاد الكثيرين بأن الدكتور مصطفى محمود كان قد أنكر وجود الله عز وجل (في بدايات مسيرته الفكرية قبل نحو سبعين عاماً) فإن المشكلة الفلسفية الحقيقية التي كان يبحث عنها (في تلك المرحلة من مسيرته) هي مشكلة الدين والحضارة، أو العلم والإيمان.. وما بينهما من صراع متبادل أو تجاذب، وهكذا كانت رحلته من الشك إلى اليقين (التي تبعت تلك المرحلة) تمهيداً لفض الاشتباك بين العلم والإيمان، وذلك عن طريق علوّ الإنسان بالمادة إلى ما هو أبعد أفقاً وأرحب مدىً. ويبدو أن هذا الأمر وراء أن يوقف هذا العالم والمفكر والأديب جزءاً كبيراً من حياته في مشروع واحد اسمه (العلم والإيمان) وقد سرد مراحل هذا المشروع من خلال ثمانية كتب تحدث فيها عن صوت الفطرة الذي حرره من سطوة العلم, وأعفاه من عناء الجدل، وقاده إلى معرفة الله.. وذلك بعد أن تعلم في كتب الطب أن النظرة العلمية هي الأساس الذي لا أساس سواه، وأن الغيب لا حساب له في الحكم العلمي، وأن العلم ذاته هو عملية جمع شواهد واستخراج قوانين. لقد صدق فيه قول الله سبحانه وتعالى: (إِنَّمَا يَخْشَى اللَّهَ مِنْ عِبَادِهِ الْعُلَمَاء). لقد أوضح الدكتور مصطفى محمود في كثير من أطروحاته أن الأيديولوجية الإسلامية تعمل على إشباع الحاجات الروحية للإنسان، وليس المادية فقط، فالمسلم حينما يتصدق أو يزكي فهو يتعامل مع الله، وهذا -عند مصطفى محمود- ما يعطي للمنهج الإسلامي خصوصية في الهدف، إذ يشعر المسلم برقابة من الله ورقابة من الضمير، فليس في الإسلام انفصال بين ما هو روحي و ما هو مادي.
