تمتلك حكومة دبي الإلكترونية قطاعين رئيسيين يجب توفير الحماية لهما على الدوام: قطاع الخدمات الإلكترونية المركزية وعلى رأسها خدمة الدفع الإلكتروني، وهي الخدمة الأكثر حساسية عند المستخدمين لارتباطها بالتحصيلات المالية ورسوم المعاملات الحكومية. أما الثاني فهو البنية التحتية الإلكترونية المشتركة بين الدوائر، والمتمثلة في منصات استضافة المواقع الحكومية وما يرتبط بها من تطبيقات إدارة المحتوى وعرض المادة على الشبكة. ولكل قطاع منهما وسائله في الحماية وتوفير الأمن.
ولأن المستخدمين، أفراداً وشركات، يريدون أن يشعروا بالموثوقية عند استخدامهم بوابة الدفع الإلكتروني المركزية في كافة معاملاتهم الحكومية، فقد جاءت إجابات الحكومة الإلكترونية تؤكد ضمان الأمن والحماية لهذه الخدمة، وهي كالتالي: تحدد البرامج التشغيلية للخدمات الإلكترونية الخاصة بالدوائر، مثل موقع شرطة دبي أو البلدية، هوية العميل الذي يتعامل معها ضمن آلية التعريف المتفق عليها بينها وبين مراجعيها، ومن ثم تحدد مقدار الرسوم المستحقة على ذلك العميل الذي يقرر أن يقوم بعملية التسديد عبر الشبكة.
وبمجرد اختيار العميل لهذه العملية تنقل الدائرة معلومتين فقط إلى البوابة المركزية لحكومة دبي الإلكترونية: مقدار قيمة الرسوم الإجمالية، ورقم مرجع لمعاملة العميل، والاثنتان مشفرتان إلكترونياً عبر تطبيق حماية خاص بحكومة دبي الإلكترونية، مما يمنع إمكانية استفادة أي متلصص على البيانات أثناء نقلها، علماً أنها بيانات لا تمثل خطراً على صاحبها حتى لو تم التقاطها.
وبعد تسلم بوابة الدفع المركزية لحكومة دبي الإلكترونية بيانات تلك المعاملة تظهر خيارات الدفع الثلاثة التي توفرها الحكومة الإلكترونية، وهي: الدفع عبر الدرهم الإلكتروني، أو من خلال التحويل البنكي المباشر، أو عبر بطاقات الائتمان. ويمثل الخياران الأول والثاني وسائل دفع آمنة لأقصى حد، إذ يتم التحكم بالأولى من قبل بوابة الدفع الإلكتروني للدرهم الإلكتروني الخاص بوزارة المالية، وهي لا تتعامل إلا مع الدوائر الحكومية.. ويتم التحكم بالثانية من خلال النظام الإلكتروني للبنك الخاص بحساب العميل والمرتبط فقط مع الخدمات الاستهلاكية والمعاملات الحكومية الخاصة بالعميل.
أما الخيار الثالث، فهو الدفع عبر بطاقة الائتمان، ويتطلب التحوّط في عملية الدفع، لأنه يمكن استغلال بيانات بطاقات الائتمان من قبل أطراف خارجية.
