تمثل المتاحف الإسلامية مقصدًا رئيسًا لزوار المدينة المنورة من الجنسيات كافة نظرًا إلى ما تحويه من معروضات، تعرّف بتاريخ المدينة المنورة وإرثها الثقافي.

ويعد متحف المدينة المنورة بمحطة سكة حديد الحجاز أحد أبرز المتاحف التاريخية في المملكة، سواء من حيث مبناه أو المعروضات فيه.

وأصبح المتحف بعد انتهاء الهيئة العامة للسياحة والتراث الوطني من المرحلة الأولى من تطويره واجهة حضارية لمنطقة المدينة المنورة التي تتميز بوفرة المواقع الأثرية، ومواقع التاريخ الإسلامي فيها.

ويشمل المتحف مباني محطة سكة حديد الحجاز في المدينة المنورة التي تم ترميمها وتأهيلها وتحويلها لمرحلة عصور ما قبل التاريخ حتى العصر الحديث، كما يشمل متحفًا بورشة إصلاح القاطرات بالمحطة، يعرض تاريخ سكة حديد الحجاز، ويضم ضمن مبنى المحطة الرئيسة قاعة المعارض الزائرة والمؤقتة، وقاعة المحاضرات والعرض المرئي، إلى جانب سوق للحرفيين، ومتجر المتحف والمقهى الشعبي، ومطعم القطار الذي يشمل ترميم (12) عربة قطار كمطعم للعائلات. وتشمل مكونات المرحلة الأولى من متحف المدينة المنورة (14) قاعة عرض، تشمل بهو المتحف، وقاعات بيئة المدينة المنورة وتاريخها الطبيعي، والمدينة المنورة قبل الإسلام، والمدينة المنورة في العهد النبوي، وقاعة زوجات الرسول - صلى الله عليه وسلم - وأبنائه، وقاعتَي الأنصار والمهاجرين، وقاعة المسجد النبوي الشريف، وقاعات المدينة المنورة في عهد الخلفاء الراشدين، وقاعة المدينة المنورة خلال العصور الإسلامية والمدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الأولى، والمدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الثانية، والمدينة المنورة في عهد الملك عبدالعزيز -رحمه الله-، وقاعة التراث المديني. وفي الناحية الجنوبية للمسجد النبوي يقام «متحف ومعرض القرآن الكريم» الذي تهدف فكرة إقامته إلى إثراء التجربة الدينية والثقافية للحجاج والمعتمرين، وتعريف الناس بكتاب الله تعالى عبر محتوى علمي دقيق، ومنظومة من التقنيات صممت وفق أحدث أساليب العرض المتحفي. وقد احتفل متحف ومعرض القرآن الكريم في الـ13 من رمضان الجاري بتخطي عدد زائريه 5 ملايين زائر، قدموا من 143 دولة.

وعلى بُعد خطوات من مسجد قباء شُيد «المعرض الدولي للسيرة النبوية والحضارة الإسلامية» على مساحة 4 آلاف متر مربع. ويعد أضخم معرض حضاري شامل يتناول سيرة النبي -صلى الله عليه وسلم- مستعرضًا نشأته وأخلاقه العظيمة, ومراحل دعوته, وهجرته, ويقدم لزائريه كمًّا وافرًا من المعلومات التاريخية الموثقة عن السيرة النبوية العطرة, والحضارة الإسلامية في عمل وثائقي وعلمي متقن.

ويقدم المعرض عرضًا مشوقًا عن أحداث السيرة النبوية العطرة باستخدام الشاشات المرئية، والتصاميم التي تحاكي الواقع؛ ليقدم نبذة شاملة عن تاريخ السيرة النبوية والحضارة الإسلامية وكل ما يتعلق بسيرة النبي -عليه الصلاة والسلام- وما تحفل به من تجليات ورسائل المحبة والسلام في إرث علمي عظيم.

ويتيح المعرض لزائريه الاطلاع على مجسمات وصفية تقريبية لمكة المكرمة والمدينة المنورة قبل وبعد الهجرة النبوية، كما يتناول مراحل إعمار وتوسعات الحرمين الشريفين على مر العصور.