تقوم فكرة مدرسة الموهوبين المتوسطة للبنين على جمع الطلاب الموهوبين في مدرسة واحدة بهدف توفير فرص أكاديمية وبيئة تفاعلية أفضل، لتفعيل قدراتهم وتنمية مواهبهم.

وكشف مديرها عبدالعزيز العمري أن رؤية المدرسة هي أن تكون أنموذجا لتقديم الرعاية للموهوبين، من خلال بيئة تعليمية وعلمية مميزة، توفر المواقف والأنشطة الفاعلة لتنمية قدراتهم، وإظهار مواهبهم.

كما أن من أهداف مدرسة الموهوبين وفقا لمدير إدارة الموهبين محمد الضالع المساهمة في تطبيق ما نصت عليه سياسة التعليم في المملكة، التي أولت الموهوبين الاهتمام والرعاية، بالإضافة إلى توفير الفرص العلمية المميزة، وتطبيق البرامج والإستراتيجيات العالمية، وتفعيل برامج البحث العلمي، وبرامج تنمية الإبداع والابتكار لدى الموهوبين.