استقبل متحف المدينة المنورة بمحطة سكة حديد الحجاز كثيراً من الزوار خلال إجازة عيد الفطر حيث فتح أبوابه أمام زائريه، ويعد أحد المتاحف التي نفذتها الهيئة العامة للسياحة والآثار في محطة سكة الحديد.
ويشمل المتحف مباني محطة سكة حديد الحجاز في المدينة المنورة، التي تم ترميمها وتأهيلها وتحويلها لمرحلة عصور ما قبل التاريخ وحتى العصر الحديث، كما يشمل متحفاً بورشة إصلاح القاطرات بالمحطة يعرض تاريخ سكة حديد الحجاز، ويضم قاعة المعارض الزائرة والمؤقتة، وقاعة المحاضرات والعرض المرئي، إلى جانب سوق للحرفيين، ومتجر المتحف والمقهى الشعبي، ومطعم القطار والذي يشمل ترميم (12) عربة قطار كمطعم للعائلات، وتستخدم قاعات المتحف لعروض أثرية وتاريخية، فيما يستخدم حرمها لإقامة بعض المهرجانات الثقافية.
وتشمل مكونات المرحلة الأولى من متحف المدينة المنورة (14) قاعة عرض تشمل بهو المتحف، وقاعات بيئة المدينة المنورة وتاريخها الطبيعي، والمدينة المنورة قبل الإسلام، والمدينة المنورة في العهد النبوي، وقاعة زوجات الرسول صلى الله عليه وسلم وأبنائه، وقاعتي الأنصار والمهاجرين، وقاعة المسجد النبوي الشريف، وقاعات المدينة المنورة في عهد الخلفاء الراشدين، وقاعة المدينة المنورة خلال العصور الإسلامية والمدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الأولى والمدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الثانية، والمدينة المنورة في عهد الملك عبدالعزيز يرحمه الله، وقاعة التراث المديني.