يرى نقاد أن صناع العمل في «سراي عابدين» وقعوا في أخطاء تاريخية أقل ما توصف بأنها كارثية، مشيرين إلى أن أسرة المسلسل لم تعتمد على مراجع تاريخية جادة قبل الشروع في كتابة السيناريو، أو أن المراجعة لم تكن على قدر مسئولية المشروع، إضافة إلى الاستسهال في الحوار واللجوء إلى الأكليشيهات والجمل «المعلبة».
وشهدت أحداث مسلسل «سراي عابدين» مغالطات تاريخية ودرامية كبيرة، كان أبرزها الحوار الذي دار بين صلاح عبد الله الذي يقوم بدور الطبيب، وغادة عادل التي تعتبر واحدة من الجواري يتم تأهيلها ليقضي معها ليلة عيد ميلاده، وقبل أن يحدث ذلك لابد أن تمر على الطبيب الذي يكشف عليها ليعطيها شهادة تثبت أنها لائقة صحياً.
وخلال الحوار سألها الطبيب: هل هي عذراء، فردت عليه طالبة منه أن يستر عليها، فقال لها «متقلقيش لو مكنتيش بنت هخليكي بنت»، وذلك رغم أن هذه العملية مستحدثة ولم يكن يتم إجراؤها في وقت أحداث المسلسل في فترة ما قبل القرن العشرين، وهو أمر لا يصدق وبعيد عن الواقع التاريخي للأحداث في تلك الفترة.
ورغم وجود تنويه في التتر بأن المسلسل مستوحى من قصة حقيقة، إلا أن المسلسل سرد أحداثا تاريخية «مغلوطة» لا يمكن التغاضي عنها، حيث بدأت أحداث المسلسل بتجهيز القصر لعيد ميلاد الخديوي إسماعيل الـ 30 بقصر عابدين، وهو ما يعنى أن هذا الاحتفال كان في عام 1860، أي قبل إنشاء قصر عابدين الذي اكتمل بناؤه في عام 1872، وأصبح مركزا للحكم.
وهناك خطأ تاريخي آخر وهو إطلاق لقب الخديوي على إسماعيل، رغم أنه لم يكن قد حصل على هذا اللقب بعد، فكان وقتها والي، وحصل على لقب الخديوي في عام 1877، ومن الخطأ أيضاً إطلاق لفظ «جلالة الخديوي» عليه، حيث من الصحيح أن يقال «عظمة الخديوي».