أنجزت الهيئة العامة للسياحة والآثار المرحله الأولى من متحف المدينة المنورة بمحطة سكة حديد الحجاز ، والذي يعتبر أحد أبرز المتاحف ، ويمثل واجهة حضارية لمنطقة المدينة المنورة، التي تتميز بكثرة المواقع الأثرية ومواقع التاريخ الإسلامي فيها.
ويشمل المتحف مباني محطة سكة حديد الحجاز في المدينة المنورة التي تم ترميمها وتأهيلها وتحويلها لمرحلة عصور ما قبل التاريخ وحتى العصر الحديث،و متحفاً بورشة إصلاح القاطرات بالمحطة يعرض تاريخ سكة حديد الحجاز ، ويضم ضمن مبنى المحطة الرئيسة، قاعة المعارض الزائرة والمؤقتة، وقاعة المحاضرات والعرض المرئي، إلى جانب سوق للحرفيين، ومتجر المتحف والمقهى الشعبي، ومطعم القطار والذي يشمل ترميم (12) عربة قطار كمطعم للعائلات.
وتحتوي مكونات المرحلة الأولى من المتحف على (14) قاعة عرض تشمل بهو المتحف، وقاعات بيئة المدينة المنورة وتاريخها الطبيعي، والمدينة المنورة قبل الإسلام، والمدينة المنورة في العهد النبوي، وقاعة زوجات الرسول صلى الله عليه وسلم وأبناؤه ، وقاعتي الأنصار والمهاجرين، وقاعة المسجد النبوي الشريف، وقاعات المدينة المنورة في عهد الخلفاء الراشدين، وقاعة المدينة المنورة خلال العصور الإسلامية والمدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الأولى والمدينة المنورة في عهد الدولة السعودية الثانية، والمدينة المنورة في عهد الملك عبدالعزيز، وقاعة التراث المديني.
أما المرحلة الثانية من متحف المدينة المنورة فتتضمن إنشاء مبنى بمساحة (12) ألف متر مربع، ويحتوي خمس قاعات هي: قاعة المدينة المنورة عبر العصور، وقاعة موجودات مكتبة الملك عبدالعزيز بالمدينة المنورة، وقاعة موجودات المسجد النبوي الشريف، وقاعة الطفل، وقاعة عيش السعودية، لافتاً إلى أن هذه القاعات ستقام فيها عروض رقمية تفاعلية تستخدم خلالها التقنيات السمعية والبصرية الحديثة بهدف تجسيد تاريخ المدينة المنورة ومخططاتها العمرانية عبر المراحل المختلفة.