أمر قاضى التحقيق المنتدب من محكمة استئناف القاهرة بإحالة الرئيس المعزول محمد مرسى ومحمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين ونائبه محمود عزت ومحمد سعد الكتاتنى رئيس مجلس الشعب السابق ومحمد البلتاجى وعصام العريان وسعد الحسينى أعضاء مكتب إرشاد جماعة الإخوان و 123 متهما آخرين من قيادات الإخوان وأعضاء التنظيم الدولي وعناصر حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني إلى محكمة الجنايات. وأسند قاضي التحقيق إلى المتهمين ارتكابهم جرائم خطف ضباط شرطة واحتجازهم بقطاع غزة وحمل الأسلحة الثقيلة لمقاومة النظام المصري وارتكاب أفعال عدائية تؤدى إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها وقتل والشروع في قتل ضباط وأفراد الشرطة وإضرام النيران في مبان حكومية وشرطية وتخريبها، واقتحام السجون ونهب محتوياتها، والاستيلاء على ما بمخازنها من أسلحة وذخائر وتمكين المسجونين من الهرب. وكشفت تحقيقات قاضي التحقيق أن التنظيم الدولي لجماعة الإخوان، أعد منذ فترة طويلة مخططا إرهابيا شاركت في تنفيذه بعض الدول الأجنبية وجماعة الإخوان داخل البلاد، وبمشاركة حزب الله اللبناني. وأظهرت التحقيقات أن المخطط الإرهابي كان الغرض منه هدم الدولة المصرية ومؤسساتها، حتى تقوم جماعة الإخوان بإعادة تقسيمها ووضع الترتيبات الإقليمية بالمنطقة بصفة عامة وترسيخ نظم جديدة تخدم مصالح تلك الدول الأجنبية.كما كشفت التحقيقات أن مرسى وقيادات جماعة الإخوان قاموا بإجراء العديد من الاتصالات مع أحمد عبد العاطى عضو التنظيم الدولي للإخوان وعناصر حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني لتنفيذ المخطط الإرهابي من خلال تكوين بؤر تتولى تنفيذ المهام الإرهابية بعد التسلل عبر الأنفاق غير الشرعية بقطاع غزة إلى داخل الأراضي المصرية. وأكدت التحقيقات أن المخطط الإرهابي الذي أعده التنظيم الدولي للإخوان بلغ ذروته باستغلال الإخوان لمشاعر الغضب الشعبي أثناء أحداث ثورة يناير 2011 واتحاد العناصر الأجنبية التي تسللت داخل البلاد مع العناصر التكفيرية بسيناء وضرب المنطقة الحدودية الشرقية لقطاع غزة ومحاولة السيطرة على مساحة ستين كيلو مترا على طول الشريط الحدودي والتعدي على المنشآت الشرطية واقتحام السجون وتهريب كوادر الإخوان وعناصر من حزب الله اللبناني وإخراج المسجونين على ذمة قضايا جنائية بغية إشاعة الفوضى داخل البلاد فضلا عن دعم العناصر الأجنبية ببطاات مصرية مزورة وسيارات ودراجات نارية ومواد بترولية لاستخدامها في إعداد قنابل المولوتوف. وتبين من التحقيقات أيضا تسلل ما يزيد على 800 من العناصر الأجنبية المشار إليها، عبر الأنفاق بسيناء إبان ثورة يناير، مستخدمين سيارات ذات دفع رباعي مدججة بالأسلحة النارية الثقيلة ومدافع جرينوف وقذائف صاروخية من طراز (آر. بى . جى).