بالرغم من المآخذ الكثيرة التي يأخذها كبار العلماء المسلمين والمشايخ على الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي، إلا أن الشيخ كان يُعدُّ أحد كبار المسلمين في الشام وكان له مريدوه وطلابه الذي يتحلقون حوله لتلقي الدرس والعلم، فالشيخ البوطي كان أحد علماء عصره إلا أنَّه يؤخذ عليه ارتباطه الوثيق بأسرة آل الأسد، حتَّى إنه ارتكب خطأً كبيرًّ حسب قول كثير من العلماء المسلمين في سورية، حينما ادَّعى في عام 1994م عن رؤيته باسل الأسد بن حافظ الأسد الذي قتل في حادث سيارة، رآه في الجنة...!

من يومها عدّ الكثير من العلماء في سورية وخارجها أن الشيخ محمد سعيد عثمان البوطي قد انحرف وذهب بعيدًا في موالاته للسلطان، ومع أنّه يُحْمد له أنّه عالم وسطي ووقف في وجّهه من يريدون تسييس الدين الإسلامي وله مواجهات عديدة مع الإخوان المسلمين في سورية، إلا أنّه كان مواليًا بشدة للرئيس حافظ الأسد ومن بعده بشار الأسد، وكان ينتظر منه أن يواجه رئيسًا ظالمًا يقتل شعبه ويُدمِّر مدنهم ويهدم منازلهم فوق رؤوسهم ويرتكب المجازر البشعة إلا أنّه وبدلاً من ذلك ظلَّ بدعم نظام بشار الأسد، بل كان يصف الثورة الشَّعبية التي أطلقها السوريون ضد نظام بشار الأسد بأنّها مؤامرة وأن الحراك الشعبي الذي تشهده بلاده بأنّه إثارة للفتن والفوضى.

موقف الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي بوصفه أهم علماء ومشايخ أهل السنَّة في سورية أعطى غطاءً للنظام وعدّ وقوف الشيخ البوطي إلى جانبه تأييدًا من أهل السنَّة لهذا النظام رغم كل ما يقوم به النظام من تنكيل وقتل لأبناء سورية من جميع طوائفهم وإن تركز القتل على أهل السنَّة أكثر من غيرهم، ومع هذا فإنَّ عملية التفجير الانتحاري الذي أودى بحياة البوطي و14 ضحية كانوا يتلقون الدرس الذي كان يلقيه في جامع الإيمان وسط دمشق، حيث اعتاد إلقاء دروسه الدينية، هذا التفجير الانتحاري لن يجد من يُؤيِّده وحتى تبنيه؛ لأن مثل هذه الأعمال الإرهابيَّة مرفوضة، فكيف إِذْ كانت موجَّهة للعلماء وتستهدف بيوت الله؟