تعتبر القرصنة البحرية أخطر الأعمال التي تهدد الأمن الملاحي، حيث إنها تستهدف السفن التجارية وقوارب الصيد والنزهة من خلال أعمال عنف أو احتجاز غير مشروع من أجل تحقيق غايات إجرامية موجهة نحو السفن لتحقيق مكاسب مالية وغالباً ما تتم في أعالي البحار، وللقرصنة صور متعددة، مثل: السطو المسلح والاحتجاز، والتهديد والتخريب بهدف إضعاف القوة العسكرية أو الاقتصادية والسياسية لدولة ما، والتجسس بغرض الحصول على معلومات بشكل سري أو غير شرعي لمساعدة قوة أجنبية بغض النظر عن طبيعتها والأهداف التي تسعى إليها.
ويمكن أن يحدث اختراق معلوماتي نتيجة لعدم وجود وسائل وقائية كافية لأمن المعلومات على متن السفينة، لأن هناك أنظمة كاملة للمعلومات مرتبطة بالإنترنت عن طريق الأقمار الصناعية، ومرتبطة بأجهزة السفينة، سواء كانت تعمل في المجال التجاري أو نقل الركاب، وهذا يعتبر الشكل الأحدث والأخطر من عمليات القرصنة البحرية، حيث يمكن السيطرة على الأجهزة الملاحية على متن السفينة عن طريق الاختراق المعلوماتي المرتبط بسوء النية من خلال إرسال فيروس عن طريق الإنترنت المرتبط بالأقمار الصناعية، ثم ينتقل هذا الفيروس إلى باقي الأجهزة على متن السفينة، ويسيطر عليها سيطرة كاملة لأن كافة الأجهزة مرتبطة ببعضها البعض إلكترونياً، وعند حدوث اختراق يمكن السيطرة عليها وتدميرها، ولذلك يجب فصل الأجهزة الملاحية عن الاتصال بشبكات الإنترنت التي يمكن أن يصل إليها عمليات اختراق معلوماتي، الأمر الذي يتطلب ضرورة وجود شفرة برمجيات ذات مواصفات عالية تتناسب مع تصميمات الأجهزة المتصلة إجبارياً بالأقمار الصناعية لتفادي الأعمال غير المشروعة لقراصنة الكمبيوتر والفيروسات، والمجرمين، والعاملين غير الشرفاء أو المتمردين لأنه على الرغم من محاولة عزل أو استقلال أجهزة الملاحة.
إلا أنه أصبح في الوقت الراهن ثمة مشكلة مرتبطة بالجسور الإلكترونية المتكاملة المرتبطة بكافة أنظمة المعلومات على متن السفينة، ولذلك لابد من إعادة النظر في التصميمات الإلكترونية والوصلات المترابطة، وتحسين الأمن المعلوماتي على متن السفينة من خلال وصلات مؤمنة بين السفينة والساحل وتنظيم الوصول إلى الإنترنت العام بواسطة سياسات تأمين مركزية كما هو الحال المتبع في المؤسسات الأمنية في المجتمع الدولي، ويجب كذلك ضرورة زيادة الوعي الأمني لأفراد الطاقم بأهمية سرية معلومات السفينة التي يعمل على متنها أو المعلومات المتعلقة بالشركة الملاحية التي يعمل بها وضرورة التعامل مع الأجهزة من خلال كلمة سر، والتأكيد على أن أي خرق عمدي للأمن المعلوماتي للسفينة سيتم التعامل معه بصرامة.
ولعل المشكلة الأساسية المرتبطة بالأمن المعلوماتي في الوقت الراهن، هي عدم وجود الخبرة المتخصصة في أطقم السفن لمكافحة جرائم الاختراق المعلوماتي الذي يُخشى منه في المستقبل نظراً للتقدم الهائل في وسائل تكنولوجيا المعلومات والاتصالات، خاصة أنه لا يوجد أي تصريح أو إعلان من جانب لجنة السلامة البحرية في المنظمة البحرية الدولية بإعداد ضابط أمن معلوماتي على متن السفينة، حيث إن الضباط الموجودين الآن ضباط بحريين ويحصلون على شهادات لتشغيل الأجهزة، وليس متخصصاً في الأمن المعلوماتي المر الذي يلقى على ربان السفينة أن يقوم بوظيفة ضابط أمن المعلومات.