على الرغم من الاعتقاد بأن التصوير بالرنين المغناطيسي لا يحمل خطورة على الجنين، فإن عدداً قليلاً من الأبحاث أجري لفحص احتمال وجود تأثيرات مشوهة للجنين، وبالمقارنة مع آلاف الدراسات التي أجريت لفحص احتمال خطر تأثير التصوير بالموجات فوق الصوتية (الأشعة الصوتية أو الإيكوغرافي) خلال الحمل فإن الجدل لا يزال قائماً حول سلامة استخدام التصوير بالرنين المغناطيسي خلال الحمل.
معظم الدراسات الأولية أظهرت نتائج سلبية أي عدم وجود تأثيرات بيولوجية غير مرغوب بها لهذا النوع من التصوير أثناء الحمل .لكن في دراسة حديثة أجريت على الفئران لدراسة تأثيرات التصوير بالرنين المغناطيسي على الحمل وجد أنه لا توجد تأثيرات مشوهة واضحة، لكن كان هناك تأثير وحيد هو نقص في طول الجنين (Crown- Rump Length)
وفي دراسة أخرى أجريت على سلالة من الفئران لكن لديها استعداد وراثي للإصابة بأمراض عينية، فإنه لوحظ ظهور تشوهات عينية.
إن استخدام الحقل الكهرومغناطيسي خلال التصوير بالرنين المغناطيسي قد ينجم عنه تأثيرات بيولوجية مؤذية تؤثر على نمو وتطور الجنين، فكما هو معروف جيداً أن الخلايا الجنينية تخضع لانقسامات خلال الثلث الأول من الحمل وهذه الخلايا تكون ذات قابلية وحساسية عالية للتأذي من العوامل الفيزيائية بمختلف أنواعها لذلك وبسبب عدم توفر الحقائق والدراسات الكافية حول هذا الموضوع في الوقت الحاضر فإن الحذر واجب عند استخدام التصوير بالرنين المغناطيسي أثناء الحمل.
و تبعاً للجنة السلامة في جمعية التصوير بالرنين المغناطيسي وكذلك الكلية الأمريكية للأشعة فإنه تم وضع شرطين لاستخدام التصوير بالرنين المغناطيسي أثناء الحمل:
الأول : إذا كانت الوسائل التشخيصية الأخرى (الغير مؤذية) غير كافية للوصول للتشخيص.
الثاني : إذا كان الفحص بالرنين المغناطيسي سيزودنا بمعلومات هامة من غيرها كان سيتم اللجوء الى وسيلة تشخيصية مؤذية للحصول على هذه المعلومات.
يجب على المرأة الحامل أن تعلم أنه لا توجد مؤشرات بأن استخدام التصوير بالرنين المغناطيسي أثناء الحمل كان قد أنتج تأثيرات مؤذية على الجنين، ولكن كما صدر عن جمعية الدواء الفدرالية( FDA) فإن السلامة التامة في استخدام هذا النوع من التصوير أثناء الحمل لم تثبت حتى الآن وبسبب وجود معدلات عالية للإجهاضات العفوية عند الحوامل بشكل عام خلال الثلث الأول من الحمل والتي تقدر بأكثر من 30% من دون التعرض لأي نوع من التصوير فإنه من هذا المنطلق يجب الحرص في استخدام التصوير بالرنين المغناطيسي خلال الثلث الأول من الحمل لكي لا تتم المساهمة في رفع هذا المعدل والذي هو مرتفع بالأصل من دون التعرض للتصوير بالرنين المغناطيسي، حيث هناك احتمال مرافق للتصوير بالرنين المغناطيسي أثناء الحمل متعلق بالإجهاضات العفوية.
وباختصار فإن المريضات الحوامل أو المشكوك بالحمل لديهن يجب إخضاعهن لتقييم سريري دقيق وإجراء مقارنة بين المخاطر التي قد تنجم عن التصوير الرنين المغناطيسي والفوائد التي سيتم الحصول عليها من هذا التصوير أو كما هو معروف عالميا The Risks Versus The Benefits
(*) اختصاصي أشعة تشخيصية - مستشفى المركز التخصصي الطبي | 
