بالتأكيد عملية اغتيال المرجع الديني محمد باقر الحكيم ليس في مصلحة العراق ولا المنطقة العربية ولا العالم الإسلامي، فالشيخ الحكيم وإن كان يُعد أحد الزعماء السياسيين البارزين في العراق إلاّ أنه استطاع ومن خلال مركزه الديني أن يوقف العديد من التجاوزات الطائفية خاصة في الأيام الأولى لغزو العراق واحتلال القوات الأمريكية والبريطانية للعراق، يومها كان عنفوان الانتقام في أوَجه وكان يمكن لهذا العنفوان أن يصيب أناساً أبرياء بزعم أنَّ النظام السابق كان يرتكز على دعم السنَّة في حين الجميع يعلم أنَّ نظام صدام حسين لا يهمه السنَّة ولا الشيعة ولا أي عراقي بقدر ما يهمه بقاؤه في الحكم، فكم شخصية سنِّية اغتيلت وكم أُبعدت وهجرت وهربت إلى خارج العراق.
الشيخ محمد باقر الحكيم كان يعرف تماماً خطورة انفلات الوضع واندلاع فتنة طائفية، ولهذا كان واضحاً سواء في خطبه أو في توجيهاته إلى الابتعاد عن أعمال تفسَّر على أنها عمليات انتقام بسبب الانتماءات الطائفية، وحتى عندما جرت محاولات من أيدٍ عابثة في البصرة لاغتيال شيوخ من القبائل السنِّية كان الشيخ الحكيم أول من استنكر الفعل الشائن وعزَّى آل السعدون في اغتيال الشيخ علي النجم السعدون، كما أنه كان يتعامل مع العراقيين سنَّة وشيعة وأكراداً وتركماناً كشعب واحد دون النظر إلى الانتماءات الطائفية. وبعد عودته للعراق ورغم أنه يرأس أهم وأكبر الأحزاب العراقية الدينية الشيعية، إلا أنه فضَّل الابتعاد قليلاً عن السياسة والاتجاه إلى الواجبات الدينية كمرجع ديني شيعي بارز فكثف في إعطاء الدروس والحلقات الدينية وإلقاء خطب الجمعة التي كانت بمجملها دروساً تحث على التسامح ونبذ الفرقة ومحاربة الطائفية، ولذلك فإن استهداف هذا المرجع الديني الكبير والزعيم السياسي البارز يُعد استهدافاً لتوجهه ومحاولة مكشوفة لإثارة الفتنة الطائفية خاصة بعد أن ظهرت بعض الأقوال الخاطئة التي تحاول تفسير عملية الاعتداء على الأئمة وكأنها بفعل طائفي، في حين تشير كل دلائل التحليل العلمي السياسي بأن الذين يقفون وراء هذه الجريمة النكراء قوى تتجاوز في انتماءاتها الروابط الطائفية، وأنها تخدم مصالح أجنبية لقوى عالمية لا تريد أن يستتب الأمن في العراق. وقد سبقت جريمة اغتيال الشيخ محمد باقر الحكيم إشارات وأفعال تشير إلى سعي هذه القوى افتعال حرب طائفية وعنصرية، حيث كان هدف الاقتتال الذي حصل في طوز خرماتو وكركوك ومحاولة اغتيال عم الشيخ الحكيم، المرجع الديني البارز الشيخ محمد سعيد الحكيم، هو إشعال فتنة طائفية في العراق بين السنَّة والشيعة والأكراد والتركمان.
والآن وبعد الجريمة الأثيمة التي أودت بحياة الشيخ محمد باقر الحكيم تزداد المخاطر مما يفرض على العراقيين وقادتهم التنبُّه واليقظة حتى لا يُدفعوا إلى خوض معركة فيما بينهم كما يريد أعداء العراق والمسلمين.
| 
