انهمك العلماء في البحث عن نظريات ومسببات التوحد منذ عام 1943م وحتى الآن لاتوجد نظرية واحدة مقنعة لسبب واحد!! فربما تكون هناك اسباب عديدة.
معظم الباحثين لديهم القناعة التامة بأن السبب بيولوجي (عضوي) أكثر من كونه نفسياً, ولقد اورد Bernard Rimland في كتابه نشأة اطفال التوحد Infantile Antism الاثباتات الآتية لوجود التكوينات البيولوجية وهذا مايخالف الرأي القائل بأن الابوين هما اللذان يسببان التوحد لدى الاطفال :
1 بعض الواضحي التوحد يولدون من أبوين لاتنطبق عليهما انماط شخصية والدي الطفل التوحدي.
2 الأبوان اللذان ينطبق عليهما مايفترض انه نشأة المرض لديهم جميعاً اطفال غير توحديين.
3 الاقرباء الحميمون للاطفال التوحديين عاديون باستثناءات قليلة للغاية.
4 الاطفال التوحديون سلوكياً غير عاديين منذ لحظة ميلادهم (هذه النقطة الآن غير مقبولة بسبب اتساع تفسير الحالة عبر الزمن)
5 هناك معدل نسبة مستمر بين الجنسين وهو وجود عدد 3 أو 4 اولاد ازاء كل بنت واحدة.
6 كل حالات التوائم التي تم الابلاغ عنها في ادبيات التوحد يعتبران متطابقين وكلاهما مصاب بالتوحد.
7 قد يحدث التوحد أو مايشابهه تماما لدى الاطفال الذين يعانون من التلف العضوي بالدماغ.
8 الأعراض فريدة ودقيقة للغاية.
9 يلاحظ عدم وجود تدرج التوحد لدى الاطفال بحيث ينتج عنه مزج بين المصاب والعادي.
(هذه النقطة الآن غير مقبولة بسبب اتساع تفسير الحالة عبر الزمن).
ولايزال هناك جدل حول الاختلافات العصبية في دماغ الاشخاص التوحديين بالمقارنة بغيرهم من الاشخاص العاديين، على أي حال يظهر من الدلائل المتحصل عليها عبر الكشف بالرنين المغناطيسي وال (MRI AND PET SCAN)وجود تغييرات مسامية دقيقة في الدماغ التوحدي, زيادة حدوث النوبات المرضية يشير الى اختلافات عصبية ايضاً (20 30% نشأت لديهم نوبات مرضية في مرحلة المراهقة).
بعض النظريات المحددة بشأن أعراض التوحد:
الالتهاب الخميري yeast infections.
عدم احتمال انواع معينة من مواد الاطعمة.
عدم احتمال الجلوتين والكازلين (الاعراض الناتجة عن عدم تحمل البروتين من الحنطة ومشتقاتها والبروتين الموجود في الحليب ومشتقاته تسمح للامعاء لتسريب الببيتايد المهضوم جزئياً وتدخل مجرى الدم وتخترق حاجز الدم بالدماغ ويقلد حركات وأعمال الناقلات العصبية مما يؤدي الى ارباك الطاقة الحسية).
ولقد سمعت ايضاً بأن اعراض المعدة المرشحة تم وصفها بعدم وجود البكتيريا النافعة التي تساعد على الهضم كما أن المادة الناتجة عن ذلك تسبب تفاعلات مناعية لاضرورة لها.